บุญพิทักษ์ จิตต์กระจ่าง เสียชีวิตอย่างกะทันหัน เมื่อวันศุกร์ที่ 27 ตุลาคม พ.ศ. 2538 ขณะเดินทางกลับบ้านที่จังหวัดชลบุรีพร้อมกับนายประภาส แสงสว่าง เพื่อนชาย นายเกรียงไกร จิตต์กระจ่าง น้องชาย และนางสาวจารุรัตน์ สามารถ เพื่อนสาวของน้องชาย รถเกิดอุบัติเหตุคว่ำ ที่โค้งโรงโป๊ะ อำเภอบางละมุง เธอเสียชีวิต หลังจากส่งไปรักษาตัวที่โรงพยาบาลบางละมุง เนื่องจากอาการเลือดคั่งในสมอง [1] ส่วนผู้บาดเจ็บอีก 3 ราย ได้ส่งไปทำการรักษาตัวที่โรงพยาบาลกรุงเทพพัทยา และได้ทำการส่งนายเกรียงไกร จิตต์กระจ่าง ไปทำการรักษาต่อที่โรงพยาบาลพญาไท 1 แต่ได้เสียชีวิตลงหลังจากเกิดเหตุ 10 วัน ศพของบุญพิทักษ์ได้ทำการจัดพีธีศพที่ศาลา 8/2 วัดพระศรีมหาธาตุวรมหาวิหาร เขตบางเขน เป็นเวลา 3 วัน เนื่องจากทางคุณมยุรฉัตร เหมือนประสิทธิเวช และเพื่อนนักแสดง ขออนุญาตทางญาติเพื่อให้สามารถประกอบพิธีบำเพ็ญกุศลทางศาสนาพุทธได้ ก่อนที่จะนำศพไปประกอบพิธีทางศาสนาคริสต์ และฝังไว้ที่สุสานของโบสถ์พระหฤทัยแห่งพระเยซูเจ้า ศรีราชา อำเภอศรีราชา จังหวัดชลบุรี เนื่องจากส่วนตัวบุญพิทักษ์เป็นคริสต์ศาสนิกชนนิกายโรมันคาทอลิก

ก่อนจะเสียชีวิตไม่นาน บุญพิทักษ์ กำลังถ่ายทำละครโทรทัศน์เรื่อง "เพลิงบุญ " ค้างอยู่ โดยเธอรับบทเป็น "ใจเริง" และเป็นการรับบทร้ายครั้งแรก ภายหลังทีมงานสร้างได้เปลี่ยนบทดารานำ ให้บุษกร พรวรรณะศิริเวช มารับบทแสดงนำแทน